(1)消毒液
鄰苯二甲酸電子內窺鏡消毒液（Disopa?等）、戊二醛（Sterihide?、SidexPlus?等）、次氯酸鈉溶液（Aceside?等等。)被允許用作藥物消毒劑。使用任何一種。由于蒸汽受到刺激，消毒時需要佩戴防護服、防護口罩、橡膠手套、防護眼鏡等防護裝備，并應用于自然通風環境。有滴眼液引起過敏性休克報告，操作時要小心。
(2)電子內窺鏡自清潔消毒裝置
一般情況下，不僅包括插入部分(軸)，還包括實際操作部分的連接部分，所有電子內窺鏡都需要清洗消毒。充分考慮清潔消毒的均勻性和消毒劑對人體健康的不良影響，期待使用全自動清潔消毒電子內窺鏡的機器，雖然需要一個安裝區域，但不能移動。雖然很多商家在市場上銷售電子內窺鏡自清潔消毒裝置，但也有可清潔消毒的電子內窺鏡和可用消毒劑資源有限的情況，所以購買時要小心。
酶清潔液(3)
用自來水去掉電子內窺鏡后殘留的血液和血液。盡量不要使用乙醇，因為它會凝固蛋白質。
