內窺鏡清潔和消毒步驟之間的安全邊際很小 (0-2 log10)。 因此，如果與標準的清潔程序稍有偏差，可能會導致無法消除患者之間繼發感染的可能性。 與較小的內窺鏡清潔消毒安全邊際相比，手術器械清潔消毒的安全邊際（17 log10）要大得多。 那么，應該怎么做才能保證這些常用儀器的安全呢？ 執行實踐指南，實施設備維護和日常檢查，并至少每年評估一次設備操作人員的能力。 但是，如果不嚴格遵守規定，可能會導致更多的群體感染事件。 一些及時的監測措施將有助于將感染問題限制在可控范圍內，例如內窺鏡清潔后微生物污染的頻率和水平，以及嚴格按照現有指南進行的高水平消毒。 如果發現內窺鏡被潛在病原體（如腸道革蘭氏陰性菌）污染，則需要對這些污染的臨床影響進行定量評估。
此外，還需要更好的方法來評估清潔和高水平消毒的有效性。 雖然微生物培養方法是金標準，但不能用于微生物感染的實時監測。 根據Epstein等人的研究，定期對十二指腸鏡進行微生物監測以評估污染情況是合理的，但仍有許多問題亟待解決。 這些問題包括： (1) 應該使用什么臨界值來定義適當的消毒水平（0 病原體或更高的數字，例如<10 菌落單位腸道病原體/腔）？ (2) 消化內鏡評估應如何取樣（如全內鏡或部分取樣）？ (3) 是根據污染頻率（即內窺鏡污染的百分比）還是根據污染程度來觸發下一步動作？ (4)如果發現觸發行走運動的陽性結果，內窺鏡使用者應采取什么措施（如告知患者進行血源性病原體檢測、內窺鏡用環氧乙烷消毒或對陽性結果進行消毒等） 內窺鏡用環氧乙烷消毒）？ 此外，還需要探索其他實時監測方法，以有效評估感染風險。 制造商必須提供足夠的內窺鏡、AER、高水平消毒劑和技術資源，并且聯邦當局（CDC、FDA 和美國國立衛生研究院）必須設計并完成必要的研究，以確定現有內窺鏡鏡的風險 消毒處理技術，進一步研發新的消毒處理方法和做法。 研發出新型內窺鏡消毒處理技術，可通過FDA認證的工藝，使消化內窺鏡的水平可靠達標，將大大提高內窺鏡的安全裕度。 此外，還可考慮發展一次性無菌消化內鏡，或轉用其他無菌診斷技術。 使用環氧乙烷法來預防內窺鏡相關感染并不是一個令人滿意的長期解決方案，因為該方法不是經過FDA認證的解決消化內窺鏡的正式方案，而且許多醫院不再使用環氧乙烷法。 用過，這種方法時間長（12-15小時）。
